Il borgo, situato in prossimità dell’aeroporto, conserva varie testimonianze della sua origine medievale, tra cui un pozzo del XIV secolo situato dietro la chiesa. Ampugnano è toponimo di origine latina (forse dal nome di persona Lamponius) e il nome Pago, posseduto da un podere situato a poca distanza, sembra suggerire l’esistenza di un insediamento di epoca romana (un pagus era un territorio rurale provvisto di un piccolo capoluogo). La prima attestazione di Ampugnano risale tuttavia al 1172. Nel 1230 il villaggio faceva parte del territorio senese e nel 1243 compare nell’elenco dei piccoli comuni sottoposti a Siena. Nel 1333 subì le devastazioni dell’esercito pisano capitanato da Ciupo degli Scolari. Nel 1366 il comune di Ampugnano fu unito a quello di Sovicille. La chiesa di Ampugnano, intitolata a S. Andrea e suffraganea della pieve di Sovicille, esisteva già nel 1269, quando venne menzionata in due atti del notaio Federigo di Giunta. Della sua struttura romanica conserva la parte terminale delle pareti laterali e l’abside semicircolare.